English
接洽我们
网站舆图
邮件
旧版回首



昆明植物地点三代基因测序范畴获得希望

文章泉源:昆明植物研讨所   公布工夫:2019-01-11  【字号:     】  

  克日,2018注册免费送白菜_可靠平台昆明植物研讨所研讨员张亚温和马占山向导的团队公布了以“10x Genomics测序”帮助“三代测序”的混淆组装计谋和软件技能。研讨职员接纳美国加州大学Jain等人2018年颁发在Nature Biotechnology上(doi: 10.1038/nbt.4060.)的人类基因组三代测序数据举行了树模测试,结果评释,新要领可以或许将测序深度从Jain等所用的35倍低落至7倍,低落幅度达80%;转换成测序本钱,新技能本钱约莫是纯三代测序的1/4。该技能创造专利已正式受理,该研讨结果在线颁发在Genomics上。新技能由于可以或许大幅度低落三代测序所需本钱,从而为进一步推进测序技能从现在主流的二代技能向三代技能的财产晋级再次提供了精良契机。

  基因测序技能系生命迷信和生物科技的焦点技能之一,现在正处在从主流的二代测序技能向三代技能举行财产晋级的过渡阶段。三代技能以其超长读段(最新技能可达1兆),较之以短读段取胜的二代技能具有诸多技能上风,无疑是测序技能的将来。但三代技能在与二代技能竞争中,也存在两大优势,其一是三代测序硬件(测序仪)的碱基程度(base-pair)错误率至今仍旧高达15%(二代测序错误率不到1%),其二是现在测序本钱仍旧居高不下。

  究竟上,三代测序超高错误率也使得三代测序数据的组装剖析遇到了极大挑衅。比方,2014年,主流的三代基因测序软件在组装人类基因组时,仅“多重比对”一步就耗时400,000个CPU小时,并且是借助了谷歌公司超等盘算机集群。2014年,马占山与美国马里兰大学博士叶承羲互助公布的三代测序组装软件(DBG2OLC)将这一盘算步调淘汰到了约莫6小时,并且是在一台平凡事情站完成的。DBG2OLC使得本来必要超等盘算机集群才气完成的盘算可以在平凡事情站上完成,现在DBG2OLC仍旧是三代测序软件中运转速率最快、内存需求最少的软件和算法。2016年他们互助公布了另一款用于三代测序纠错的软件SPARC,该软件将三代测序软件技能的组装错误率低落到0.5%以下;与其时最良好的同类软件相比,可节流盘算工夫和内存达80%。DBG2OLC和SPARC软件不但有用补充了三代测序硬件技能超高错误率的缺陷,并且也为最新的“10x技能帮助的混淆三代测序”奠基了高效、牢靠的算法和软件底子。这次公布的技能仍旧失掉了叶承羲的支持和资助。

  马占山为文章的第一作者,马占山和张亚平为文章的配合通讯作者。相干事情失掉国度天然迷信基金、云岭财产技能领武士才、云南省国际互助基金等的赞助。

  文章链接

 

昆明植物地点三代基因测序范畴获得希望




(责任编辑:叶瑞优)

附件:

专题保举

相干旧事


© 1996 - 2018注册免费送白菜_可靠平台 版权全部 京ICP备05002857号  京公网安备110402500047号  接洽我们

地点:北京市三里河路52号 邮编:100864