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北京基因组所等开辟跨物种长非编码RNA判定软件LGC

文章泉源:北京基因组研讨所   公布工夫:2019-02-02  【字号:     】  

  克日,2018注册免费送白菜_可靠平台北京基因组研讨地点国际生物多样性与康健大数据(Global Biodiversity & Health Big Data,简称BHBD)同盟框架下,与沙特阿卜杜拉国王科技大学、巴基斯坦真纳大学以及美国梅奥医学院展开科研互助,团结开辟了可跨物种利用的长非编码RNAlong non-coding RNA, lncRNA)判定软件LGC。该结果以Characterization and identification of long non-coding RNAs based on feature relationship 为题在国际学术期刊Bioinformatics在线颁发。

  测序技能的飞速生长孕育发生了少量转录组数据,而转录组剖析中一个紧张的研讨内容是判定新的转录本而且检测其卵白编码本领。固然使用卵白质谱检测、Ribo-seq等实行要领可以得到卵白编码证据,但本钱高、耗时长且通量低。因而,现在重要依赖软件预测的盘算要领判定lncRNA。已有相干软件大多必要高质量的训练集,对付缺乏高质量数据的非形式物种,判定其lncRNA难度极大,亟需生长支持跨物种利用的lncRNA正确判定要领与东西。

  为办理以上困难,北京基因组所团结多家科研机构,研讨了卵白编码RNAlncRNA在多物种中广泛存在的序列特性差别,发明GC含量与ORF(开放读码框)长度的干系在两者间存在明显差别,且这种差别在动动物中遍及存在。基于此,研发了可以或许跨物种利用的lncRNA判定要领和软件LGC。该要领必要物种特异训练集,与同类要领相比,LGC可完成从动物到哺乳植物的lncRNA的正确判定,同时具有较为均衡的敏捷度与特异性,为lncRNA跨物种判定以及功效剖析提供紧张要领和东西。同时,提供web server,支持fastagtfbed三种款式,完成在线剖析盘算。Fasta款式不限定物种,gtfbed款式现在支持人、小鼠、斑马鱼与果蝇的在线剖析。

  该项研讨失掉澳门送彩金网站战略性先导科技专项、国度重点研发方案、澳门送彩金网站“十三五”信息化专项等的赞助。

  Web server

  文章链接

 

GC含量与ORF长度的干系在卵白编码RNAlncRNA中存在明显差别 




(责任编辑:叶瑞优)

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